2、 工作范圍有所不同
　　在工作范圍上，內部審計包括了企業運營管理的許多方面，特別是以內控部為標志的企業，其內部審計的范圍更是涵蓋了所有的管理流程，包括內控體系的審計、管理風險預防和公司治理等。而外部審計則基本集中在檢查財務管理流程和財務信息的真實性方面。
　　案例二：發現質量退貨問題
　　某公司在年末處理一批年內陸續從客戶處退回的三包退貨，這些貨物分散存放在公司外地客戶處的中轉庫里。雖然退貨已經過公司質檢處的檢驗，但由于考慮到年終績效考核問題，公司管理層沒人對該批退貨是否應該核銷當年銷售收入作出處理決定。公司的外部審計師在審核公司年度報表并對銷售收入進行符合性測試時，沒有條件對該公司眾多的外部中轉庫存貨情況進行全面盤點，因此無法及時發現該公司的這批質量退貨。最后還是公司的內部審計師在檢查質量部工作報告時發現了線索，并最后追蹤到了這批外庫質量退貨，及時向該公司管理層提出了核銷銷售收入和調整存貨的意見。本案說明，內部審計由于工作范圍廣，時間長，所以有機會發現更多的管理問題。
　　3、 對具體業務的審計深度不同
　　外部審計師通常需要同時關注所有市場上的單位，受其本身條件限制，如具體審計人員的職業素質、審計時間、對企業業務狀況的連接，特別是對企業文化背景的感悟等等，決定了其對被審計單位的具體業務在現實情況下無法進行非常深入的調查研究和分析。相反，作為內部審計師則可以根據需要對高風險業務進行非常深入的調查研究，有些問題在表面上看可能并不屬于高風險項目，但由于直接影響到財務數據的準確性，也需要內部審計的深入調研。
　　案例三：固定資產“拆拼”活動對資產負債表的影響
　　某公司下屬企業因為現金短缺，在年度內發生了幾臺設備損壞無錢購買維修備件的問題，設備部為保證生產運行，決定將另外暫停使用的幾臺同型號設備上的好部件拆下來供維修用，這在企業內部通常叫做“拆拼”。按規定，這需要對被拆件設備進行重新估價，做減值準備或者直接辦理報廢手續。但該公司管理層同樣由于考慮到年終績效考核問題，沒有對這些被拆件設備進行報廢和減值處理，繼續以封存設備名義放在固定資產科目內，由于外部審計師受業務能力和審計時間等條件限制，無法及時發現該項“拆拼”事務。此后，該公司的內部審計師在檢查設備管理部門業務過程中，特別是在聽取企業介紹節約現金的介紹中發現了線索并據此查明了事情的全部經過，根據公司管理政策規定，鑒于該設備已無修復價值，內部審計師要求企業管理層對該設備作了報廢處理并調整了年度財務報告。
　　4、 審計權限不同
　　對于重視企業內部控制和審計的企業來說，內部審計通常會被賦予對潛在風險預防提出管理糾正的權利，有些甚至可以直接向高層提出免除下屬業務單位主管負責人的建議。外部審計師雖然在其審計報告中也可以對潛在的管理風險提出預防建議，但一般不涉及處理被審計單位的管理人員。
　　案例四：內部審計對管理層的獎懲建議權
　　某公司的一家下屬企業，自開業后多年來始終處于虧損狀態。雖然該公司的設備一流，而且有跨國公司的大投入做后盾，產品的市場需求極大。但公司總經理盲目自信，隨意濫用董事會賦予的投資權利，超預算購買大批進口設備。加上內部管理混亂，費用開支巨大，管理層之間信息溝通不佳，所以產品質量和數量長期不能滿足客戶需要，導致該公司長期不能達到董事會確定的目標。公司內部不斷有員工揭發總經理利用采購設備的機會接受外國供應商的好處，包括帶領全家出國旅游、收受好處等問題。最后，公司首席執行官指示內控部聯合其他投資、財務等部門組成聯合審計組對該公司總經理進行特別審計。
　　經過一周的特別審計后，根據具體的審計證據和總經理目前的經營方針以及發展計劃，審計組決定在審計報告中向董事會提出了包括撤換總經理在內的一系列建議。而過去外部審計師雖然也多次對該公司進行年度審計，也有許多管理建議，但都沒有涉及該公司總經理的去留問題。
　　此外，該公司的內部審計機構通常還派人參加企業的年度和季度的績效考核工作。內部審計師在評價下屬企業管理層的績效中有獎懲建議的權力。