澎湖風電開發不只影響當地經濟與供電，對臺灣推動綠電也有關鍵性影響;臺電規劃在澎湖與云林間興建海地電纜，將澎湖多余的風電輸送到臺灣，但這項計劃遭到環團強烈反對，開發變量仍高。
　　澎湖是島內適合開發風力發電的區域，一旦澎湖大規模開發風電，勢必面臨風電何處去的問題，臺電預計在澎湖與云林口湖鄉間興建海底電纜，將余電送往臺灣，但環團質疑這項計劃會影響生態，還可能有電磁波影響民眾健康，興建過程屢遭居民抗議。
　　臺電指出，該條電纜不但可以串連澎湖與臺灣本島的電網，讓澎湖電力調度更經濟與安全，未來澎湖發展風力發電的余電，可以藉此電纜輸往臺灣，有助臺灣發展綠電。
　　臺電主管說，澎湖發展風電達到一定規模后，因夜晚用電量低，澎湖風電多余的電力，可透過海底電纜輸往臺灣，作為日月潭夜晚抽蓄發電的電力。
　　臺電主管解釋，日月潭的抽蓄電廠，白天從上池放水發電，晚上再把水從下池抽往上池，類似電池儲能的概念，利用夜晚便宜、多余的風電，擔任抽蓄發電的電力，等于是在夜間儲備綠能，在白天用電高峰時，再將綠能釋放。
　　環團表示不反對發展低碳能源，但興建海底電纜不應該犧牲當地居民權益，特別是高壓電纜會經過學校、民宅附近，臺電高壓電纜埋設深度僅有2米，電磁波恐怕會影健康。